「長期優良住宅」の認定を受けた住宅を取得すると、住宅ローン減税の控除率が１％から１．２％に上がる。これは２０１１年分までの期間有効です。
また、所得税から控除しきれなかった分の住民税からの控除も同じように受けられます。
登録免許税、不動産取得税、固定資産税についても「長期優良住宅」は一般住宅より負担が軽減されます。
登録免許税では保存登記が０．１５％を０．１％に、土地の移転登記が０．３％から０．１％に、抵当権設定登記は変わりません。
不動産取得税は１２００万円控除を１００万円増えて１３００万円控除になります。
固定資産税は３年間５０％軽減を５年間５０％軽減に伸びます。
住宅ローン減税制度との選択性になりますが、「長期優良住宅にするための性能強化費用分の１０％を所得税から控除する」事も出来ます。控除額の上限は１００万円で控除しきれなかった分は翌年に繰り越せます。２０１３年いっぱいの時限措置です。
ほとんどの場合、住宅ローン減税を選択するほうが有利なようです。
試算によると、ローン借入額と年収が一定以下ですと、長期優良住宅の認定を受ける際にかかる費用（性能評価料+申請料）を考えるとコスト的にはマイナスになる場合もあるので注意が必要です。
目安としてローン借入額が３０００万で年収が６００万以下の場合は長期優良住宅と一般住宅の減税額は変わらないようです。
「フラット３５」も一定の性能を満たす場合はローン金利が０．３％優遇される「フラット３５Ｓ」が利用できます。これも優遇期間５年だったものが１０年に延長されました。
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